南通廢舊物資回收主要面臨以下4大稅收瓶頸：
1、回收企業(yè)難以取得增值稅進項抵扣，導致其稅負過重。
廢舊物資回收經營企業(yè)的原料來源主要包括兩大方面：一是從眾多的個體戶手中收購廢舊物資，這種回收方式約占回收總量的80%以上，這些個體人員不愿開具增值稅發(fā)票，即使開具也僅能適用3%的征收率，導致回收企業(yè)進項抵扣嚴重不足。二是從產廢企業(yè)購買廢舊物資，此種收購比例偏小，回收企業(yè)的進項抵扣依然存在巨大缺口。2008年增值稅優(yōu)惠政策取消后，回收企業(yè)向生產企業(yè)銷售物資時，幾乎是按照銷售額全額繳納17%的增值稅，加上地方附加稅費，回收企業(yè)的稅負遠高于一般行業(yè)企業(yè)水平，企業(yè)的利潤空間大大壓縮，多數企業(yè)的回收業(yè)務出現虧損。
2、回收企業(yè)虛設交易環(huán)節(jié)，虛開發(fā)票。
由于進項稅額抵扣不足，導致廢舊物資回收經營企業(yè)的增值稅稅負較高，部分企業(yè)甚至采取了“買票”等違法行為，通過虛設交易環(huán)節(jié)，向開票方支付開票費用獲取增值稅專用發(fā)票以抵扣進項，但貨物實際并不存在。這種“票貨分離”的業(yè)務模式已經成為稅務機關查處涉稅違法行為的重點。
3、上下游企業(yè)涉嫌“虛開”，企業(yè)無法隔離違法風險。
由于增值稅存在于生產、銷售的各個環(huán)節(jié)，上游企業(yè)是否合法合規(guī)的開具增值稅專用發(fā)票、是否按期、足額繳納增值稅稅款直接影響到下游企業(yè)能否正常申報抵扣增值稅進項稅額及其抵扣行為是否會造成國家增值稅損失。在虛開案件中，有相當部分案件是由于上游企業(yè)出現虛開問題進而牽連到下游企業(yè)，輕者暫停發(fā)票、接受稅務檢查，影響企業(yè)的持續(xù)經營；重者可能移交公安機關以虛開發(fā)票刑事案件立案偵查。無論以上何種情形都將對企業(yè)的健康發(fā)展產生不良影響。
4、加工環(huán)節(jié)稅收優(yōu)惠難以傳導到回收環(huán)節(jié)的正規(guī)企業(yè)，導致“劣幣驅逐良幣”。
目前，再生資源行業(yè)稅收優(yōu)惠政策僅針對生產加工環(huán)節(jié)，政策設計的初衷是依靠加工環(huán)節(jié)的稅收優(yōu)惠傳導到回收環(huán)節(jié)的正規(guī)企業(yè)。但是，由于回收環(huán)節(jié)存在眾多個體人員，這些個體人員不用繳納稅收，回收成本更低，他們抬高價格從產廢者手中收購廢舊物資，形成了“無票價”和 “帶票價”兩種價格體系，導致正規(guī)回收企業(yè)生存空間受到擠壓，不少企業(yè)紛紛停產或轉行。
